Era de banuit ca ploaia va afecta Marele Premiu al Malaeziei, dar nimeni nu ar fi putut ghici ca precipitatiile vor fi factorul cheie in stabilirea castigatorului cursei. Programarea pit stopurilor a fost vitala, pe masura ce conditiile meteo s-au schimbat, dar in cele din urma Jenson Button a castigat inca o cursa, aducand puncte pretioase pentru Brawn GP si asta dupa ce cursa a fost oprita dupa doar 32 de tururi, din cauza ploii.
Button se afla in fruntea plutonului, atunci cand ploaia fatidica s-a pornit in turul de pista cu numarul 22 si asta in ciuda faptului ca britanicul se oprise la boxe pentru a face trecerea la cauciucuri de ploaie in turul 19. Button a continuat sa conduca, pana a realizat cat de repede mergea Timo Glock, de la Toyota, avand avantajul unor pneuri intermediare. Britanicul a schimbat din nou, in turul 29, trecand la intermediare si in mod surprinzator, tot Button a ramas in fruntea cursei, deoarece Glock a intra la boxe pentru a schimba pneurile cu unele de ploaie.
Conditiile meteo s-au schimbat din nou, iar Button a intrat pentru o a treia oara la boxe, inca o data pentru schimbarea de pneuri. Si asta in timp ce Glock si Nick Heidfeld se duelau pentru locul 2, dar britanicul a ramas in frunte. Charlie Whiting, responsabilul oficial al cursei a decis intrarea safety car-ului in turul 31, pentru ca doar cu un tur mai tarziu steagul rosu sa fie fluturat, semn ca totul se sfarsise.
Cursa incepuse prost pentru Button, care a fost depasit de Nico Rosberg, de la Williams si apoi de Jarno Trulli, de la Toyota, cu un Fernando Alonso foarte agresiv imediat in spatele sau. In a doua masina Brawn, Rubens Barrichello a urcat rapid pe pozitia a cincea, in fata lui Kimi Raikkonen, de la Ferrari, Mark Webber de la Red Bull, Glock, Heidfeld si Lewis Hamilton. Kovalainen a parasit pista in virajul 5, in vreme ce Robert Kubica nu a putut porni de pe grila de start.
Cum a ajuns Button in fruntea plutonului? Simplu, prin opririle la standuri ale lui Trulli si Rosberg in tururile 15 si 17, acestea facandu-l pe Barrichello liderul cursei, in vreme ce Button a intrat de asemenea la boxe, pentru a prelua primul loc, dupa ce Rubens a facut si el un pit stop in turul 23. Strategia celor de la Ferrari s-a dovedit a fi un dezastru, deoarece Raikknonen a intrat la boxe in turul 18, pentru a se echipa cu pneuri de ploaie, el fiind apoi mai lent decat Button cu 21 de secunde.
Atunci cand steagul rosu a fost aratat in turul 32, ordinea pilotilor era urmatoarea: Button, Glock, Heidfeld, Trulli, Barrichello, Hamilton, Rosberg, Webber, Massa, Bourdais, Alonso, Nakajima, Piquet, Raikkonen, Sutil, Vettel, Buemi si Fisichella. In cele din urma, oficialii cursei au decis ca Button a castigat cursa, fara a o reporni, deoarece conditiile meteo se inrautatisera. De vreme ce se desfasurase peste 50% din cursa, dar totusi nu 75%, pilotii au primit doar jumatate din punctaj.
Asta inseamna ca Button este in continuare pe primul loc in campionatul Formula 1 2009, cu 15 puncte, urmat de Barrichello cu 10 si Trulli cu 8.5.